Tiền thân của đội Bóng đá Sanna Khánh Hòa Biển Việt Nam là đội bóng đá Phú Khánh, thành lập vào năm 1976; Là đội bóng đá nghiệp dư đại diện cho tỉnh Phú Khánh; Đội bắt đầu tham gia Giải vô địch bóng đá Việt Nam từ năm 1980 và đạt thành tích tốt qua nhiều năm liền. Tại Giải bóng đá Vô địch quốc gia Việt Nam năm 1987, Đội đã lọt vào vòng bán kết và đạt hạng 4. Năm 1989, tỉnh Phú Khánh tách ra thành 2 tỉnh là: Khánh Hòa và Phú Yên, Đội lúc này được chuyển về cho tỉnh Khánh Hòa quản lý với tên gọi là Đội Bóng đá Khánh Hòa.
Ngày 1 tháng 11 năm 2004, đội Bóng đá Khánh Hòa chính thức chuyển sang mô hình Câu lạc bộ Bóng đá chuyên nghiệp khi Ủy ban Nhân dân tỉnh Khánh Hòa chính thức bàn giao đội Bóng cho Tổng Công ty Khánh Việt quản lý với tên gọi mới là Câu lạc bộ bóng đá KHATOCO Khánh Hòa; và cũng trong năm 2004, dưới sự dãn dắt của ông bầu Nguyễn Xuân Hoàng, Câu lạc bộ Bóng đá Khatoco Khánh Hòa đã thi đấu khá thành công và giành được chức vô địch tại giải hạng nhì, giành được suất thi đấu ở giải hạng nhất; Sau đó giành được quyền thi đấu tại V-league mùa giải năm 2006, mở ra trang sử mới cho phong trào Bóng đá tỉnh Khánh Hòa.
Sau khi kết thúc mùa giải năm 2012, do những khó khăn về tài chính sau khi đội Bóng Khatoco Khánh Hòa giải thể, đội trẻ của đội Bóng này được thành lập và có tên gọi mới là Sanna Khánh Hòa Biển Việt Nam. Năm 2013, đội Bóng đá Sanna Khánh Hòa Biển Việt Nam thi đấu ở Giải bóng đá hạng Nhì Quốc gia và vô địch giải đấu này, giành quyền lên hạng nhất năm 2014 và ngay lập tức giành được quyền thăng hạng với vị trí á quân năm 2015.
Với kết quả xếp hạng 3 tại mùa giải V.League năm 2018, lần đầu tiên đội Bóng đá Sanna Khánh Hòa Biển Việt Nam (mà tiền thân là đội Bóng đá Phú Khánh) đã lập kỳ tích, ghi danh và viết tiếp những trang sử vẻ vang cho phong thể thao tỉnh Khánh Hòa nói chung, phong trào Bóng đá tỉnh Khánh Hòa nói riêng, mang chiến thắng, vinh quang và niềm tự hào cho nhân dân tỉnh Khánh Hòa.